Похоже, что тот же файл существует в двух разных пакетах: gir1.2-mutter-3.0 и gir1.2-mutter-2.91 (обратите внимание, что это имена пакетов без номеров версий). Вы можете:
Удалить один из пакетов, возможно, gir1.2-mutter-3.0. Недостатком является то, что это может заставить вас удалить другие пакеты, которые зависят от него. Установите gir1.2-mutter-2.91 с помощью dpkg --force-overwrite, который перезапишет конфликтующий файл. Существует небольшой риск того, что это может вызвать проблемы, но вы всегда можете восстановить его, переустановив старую версию.