Когда PyCharm открылся, щелкните правой кнопкой мыши значок (в левой части - рабочие приложения). Выберите «Добавить в избранное».
Вы также можете запустить «apt install php-dev» перед запуском «pecl install xdebug».
Это устанавливает соответствующие инструменты для разработчиков для php7. Ответ выше - это скорее работа, связанная с тем, что набор инструментов dev для php5 работает с php7.