Альтернативный rmdupe принимает переключатель --ref /referencedir, который сохраняет любые дубликаты, найденные в справочном каталоге.
Используйте -f вместо переключателя -c, чтобы указать файл конфигурации, например
httpd -t -f httpd.conf
Убедитесь, что httpd.conf является текущим каталогом.