Моя проблема началась после обновления с ubuntu с 14.04 по 16.04. Раньше я просматривал видео на vlc и не испытывал проблем с мерцанием видео. Вещи, которые я пробовал: переустановка vlc смены видеовыхода, переключение ускоренного видеовыхода (оверлей), переключение на поздние кадры, пропущенные кадры, тихий синхронизатор, наложение видеоизображения с антибликовым фильтром.
Тотем, однако, воспроизводит все видео безупречно .