Как исправить “ непригодное дисковое пространство ” ошибка?

Если вы отформатируете свою систему, то да, вы будете использовать эти данные. Я бы предложил создать резервную копию этой информации с помощью внешнего диска, учетной записи Dropbox или облачного хранилища Ubuntu One.