Создайте свой командный файл с URL-списком, как обычно. И прокомментируйте строку, положив # в начале строки.
youtube-dl не будет читать эту строку.
Пример: url.txt
#This is link 1
youtube.com/watch=url
#This is link 2 (blabla)
youtube.com/watch=url