У меня была та же проблема в Ubuntu 14.04. Оказалось, что xorg.conf был переопределен параметрами unity-control-center, которые сохраняются в ~/.config/monitors.xml.
Ввод желаемых настроек в monitors.xml решил проблему для меня.
] <primary>no</primary> или <primary>yes</primary> <x>0</x> означает левый экран, правый экран <x>1280</x>, где 1280 - ширина экрана слева.