Вы не должны испортить библиотеки, установленные дистрибутивом. Esp., Вы не должны заменять их своей собственной версией, так как это может нарушить многие вещи.
Вы можете установить свои собственные библиотеки в несистемном расположении (рядом друг с другом) и использовать LD_PRELOAD для предварительно созданных двоичных файлов или, если вы также компилируете свои собственные приложения, связывайте их со своими библиотеками.