Я знаю два решения: LUKS и Truecrypt.
Truecrypt обычно используется для шифрования части вашего жесткого диска или внешнего диска. Можно шифровать все жесткие диски с помощью Truecrypt с небольшим незашифрованным разделом для предварительной проверки подлинности и дешифрования. Однако это LUKS . Я бы использовал только Truecrypt для не-загрузочных дисков. Исходный код Truecrypt является общедоступным, он бесплатный и надежно кросс-платформенный. Он не включен в репозитории Ubuntu, потому что он не является строго открытым исходным кодом. Обновление: разработчики TrueCrypt загадочно прекратили его и теперь рекомендуют другие решения.
LUKS / cryptsetup лучше интегрированы с Ubuntu, в частности с Nautilus и Disk Utility. Если вы устанавливаете новую систему, очень просто зашифровать весь жесткий диск с помощью альтернативного компакт-диска. В процессе установки есть опция, которая делает все это автоматически. Я бы определенно рекомендовал использовать LUKS, если вам не нужно использовать Truecrypt.
В настоящее время я многократно загружаю незашифрованную систему Windows, незашифрованную систему Debian и зашифрованную систему Ubuntu LUKS (которая включает как корневой раздел, так и замена). Получение этой настройки было сложным, но существует использование Truecrypt для не загружаемых дисков Truecrypt . Одна вещь, о которой нужно помнить, заключается в том, что LVM LVS не могут быть изменены влево, а изменение размера вправо сложнее.