Поведение, которое я хотел бы отключить, показано в следующей анимации.
Начиная с версии Nautilus 3.17.91 эта ошибка была исправлена добавлением опции для отключения режима «автооткрытия». Из файла NEWS:
Major changes in 3.17.91:
...
* Add a preference and disable by default automatic opening of folders while hovering on drag an drop operations (Carlos Soriano)
По умолчанию было из файла NEWS , восстанавливая поведение «автооткрытия» для всех, кто не отключает его явно.
К сожалению, это изменение не успело попасть в Ubuntu 16.04, которое поставляется с Nautilus 3.14.3. Ubuntu 16.10 поставляется с версией 3.20.3, поэтому у него и последующих версий должна быть опция (по крайней мере, до тех пор, пока GNOME не решит удалить ее еще раз, чтобы оптимизировать работу пользователя).
Не знаю, этот параметр отображается в графическом интерфейсе, но не ожидал. В любом случае должно быть возможно отключить поведение из командной строки с помощью
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences open-folder-on-dnd-hover false