Как я упоминал в другом аналогичном вопросе, обычный способ замены Esc и Ctrl со следующими строками в файле ~/.Xmodmap:
clear Lock
keysym Caps_Lock = Escape
keysym Escape = Caps_Lock
add Lock = Caps_Lock
Это должно работать со всеми средами рабочего стола (KDE , Gnome) на большинстве распространенных дистрибутивов (семейства Ubuntu и Debian, семейства Fedora и RH).