Перейдите к Settings > Session and Startup > App Autostart и снимите флажок Update Notifier. Также убедитесь, что в этом списке не включена другая подобная запись (например, Synaptic). Обратите внимание, что это скорее всего отключит автоматическое обновление данных из репозиториев пакетов.