Это должно устранить проблему в 13.10 и 14.04:
В программном центре ubuntu установите «dconf Editor» (dconf-editor) (если у вас его еще нет). Откройте его, затем откройте рабочий стол -> ibus -> general. Теперь включите свойство «use-system-keyboard-layout». (Вы хотите, чтобы рядом с ним была отметка.)
Источник: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/indicator-keyboard/+bug/1240198