У меня есть сценарий, который переносит установку Ubuntu в другое место, например. в вашем случае вы можете перенести его на внешний жесткий диск. Оптимальным является то, что вы можете самостоятельно загрузить его и подтвердить, что он работает до форматирования вашего старого диска. Это точная копия - не требуется настройка, переустановка или настройка. Вам просто нужно подготовить целевой раздел. (Он также не изменяет текущую установку, поэтому вы можете протестировать перенесенный файл перед форматированием старого.)
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1519354
(Да, это перенаправление wubi, но он также выполняет обычные миграции. Я все время использую его для резервного копирования и восстановления различных установок)