Как использовать ssd для системы и hdd для программ

Вам не нужно удалять файл и терять все ассоциации. Вы могли бы просто удалить строки, которые связывают PDF для imagemagick. Я просто удалил следующие строки из ~/.config/mimeapps.list, и он сработал!

image/pdf=display-im6.desktop
image/pdf=display-im6.q16.desktop;display-im6.desktop;