Используйте os.chdir() вместо этого.
Помимо проблем, упомянутых в существующих ответах, я бы не предпочел использовать shell=True или subprocess.call() здесь, чтобы сменить каталог.
Python имеет свой собственный способ изменения каталога в os.chdir() (не забудьте import os). ~ («home») можно определить несколькими способами: a.o. os.environ["HOME"].
Причины предпочесть, что над shell=True можно прочитать a.o. здесь