Я согласен с другими ответами, вы можете использовать в rsync в терминале или интерфейсах Grsync, luckyBackup, Conduit или знаменитом Unison.
Еще одно замечательное приложение: rsync ( Диспетчер файлов с двумя панелями для KDE), в меню «Сервис» вы можете найти «Syncronize Directories», это очень полезно.
В последнем случае вы можете установить Wine и установить еще один отличный файловый менеджер с двумя панелями, например Total Commander.
В любом случае у вас есть много вариантов, и все они присутствуют в программном центре Ubuntu.