Мне нужно сделать кросс-компиляцию для 64-битной архитектуры на 32-битной платформе (используя флаг gcc-multilib и -m64).
Для этого мне нужно установить 64-битные версии зависимых библиотек.
Как мне это сделать?
Вы не можете. Вам придется вручную скомпилировать библиотеки и сохранить их в нестандартном месте (чтобы они не перезаписывали 32-битные).
Вероятно, было бы проще просто установить 64-битную систему и собрать ее самостоятельно, либо создать пакет debian и загрузить его в свой PPA на панели запуска, и пусть он беспокоится о сборке на каждой из архитектур.
См. https://wiki.ubuntu.com/UbuntuDevelopment для получения дополнительной информации о пакетировании и других вопросах разработки.