Операционная система будет работать до тех пор, пока она настроена для использования только для чтения. У LiveCD есть такая настройка, поэтому вы можете отключить их в любое время, и ОС не пострадает.
На диске с чтением-записью файловые системы ext4 очень устойчивы. Но независимо от файловой системы любой диск, доступный для записи, будет подвержен поврежденным файлам.