Network Manager - это программа GUI, используемая при работе с Ubuntu в качестве рабочей станции, установленной на вашем рабочем столе / ноутбуке.
Утилиты типа ifconfig основаны на командной строке и используются при работе с Ubuntu в качестве серверной ОС, когда у вас нет графического интерфейса, доступного вам (например, при загрузке Amazon EC2, основанный на Ubuntu). Они обычно используются через ssh-соединение.