Нет никакой связи между исходным файлом файлового сервера и целевым диском (с точки зрения формата). Если у вас нет необычной сверхскоростной сети, это вряд ли имеет значение. Узким местом при передаче файлов по сети является сам сетевой транспорт, чтение с сервера ожидается быстрее. В любом случае, доступ к данным из Linux ожидается быстрее с помощью ext4, чем ntfs.