Вы должны проверить конфигурацию grub, чтобы узнать, была ли отключена опция тайм-аута или что-то в этом роде.
Для старых версий grub см. эту ссылку. Для более новых версий см. Эту ссылку.
Все файлы и каталоги в /var/www будут удалены при переустановке Ubuntu, поэтому вам лучше создать резервную копию всех необходимых файлов, не забывая о своих базах, если у вас есть.