Как остановить qsynth от отключения всех других звуков в моей системе до тех пор, пока я не перезагружу компьютер?

Вы также можете использовать:

start-stop-daemon -SbCv -x your_command

здесь скрипт init.d для запуска и остановки программы в фоновом режиме.