На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я создал флешку, загружаемую через Startup Disk Creator. Теперь я пытаюсь удалить ос из флешки и пытаюсь удалить все данные с флешки, но она не работает. Даже после форматирования флешка показывает данные.
Проблема с SDC состоит в том, что он создает раздел ISO9660, который некоторая ОС испытывает затруднения при наблюдении.
Mkusb может восстановить pendrive как новый. Функция очистки может сбросить диск к таблице разделов MS-DOS с разделом FAT32 или таблице разделов GUID с разделом NTFS.