Предполагая, что вы использовали CompizConfig Settings Manager для изменения настроек, убедитесь, что вы включили декорации окон - см. первый снимок экрана
Я рекомендую вам установить Ubuntu Tweak, это позволит вам изменить настройки менеджера окон легко и упорядочить компоновку кнопок, как вы хотите - см. снимок экрана ниже.