Я боюсь, что вы сталкиваетесь с типичными для Linux систем, и сам Linux не виноват в этом. Я попытался бы ответить на это один за другим.
Прокрутка Firefox всегда начиналась с Linux. С firefox 4 все стало лучше, но все еще медленнее по сравнению с хром или опера. Вы можете попробовать установить «еще одно плавное расширение прокрутки» для Firefox. Это улучшит производительность. Ссылка приведена ниже https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/yet-another-smooth-scrolling/. Java во многих системах заведомо замедлен. Даже в окнах, где он сильно оптимизирован, производительность мрачна. 64-битная java очень грязная. Да, сравнение очень несправедливо, поскольку вы используете чистую игру с использованием эмулятора. Я уверен, что запуск родной Linux-игры с проприетарным драйвером даст хороший результат.Для измерения производительности системы, попробуйте набор тестов phoronix, в котором полно инструментов для бенчмаркинга.