Что еще вы должны знать о шифровании домашней папки, так это то, что данные в нем недоступны, когда вы не вошли в систему. Если у вас есть какой-либо автоматический или внешний процесс (например, crontab), который пытается получить доступ к этим данным, будет отлично работать, пока вы его смотрите, но не сработаете, когда не смотрите. Это очень неприятно для отладки.