cron не знает, где найти mkdir. Поэтому, если вы не включаете PATH в свой cron, тогда всегда используйте абсолютные пути. Это работает:
0 12 * * * /bin/mkdir /path/to/folder
Посмотрите на часть, начинающуюся с using cron в ссылке. Вы можете поместить путь и другие переменные вверху cron следующим образом:
SHELL=/bin/bash
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
MAILTO=root
HOME=/
Таким образом, у вас есть доступ к /sbin/, /bin/, /usr/sbin/ и /usr/bin/.
Я сам предпочитаю включать только сценарий в cron и устанавливать команды внутри этого скрипта.
Оказалось, что одна из двух записей в существующем меню была фактически записью для Windows 7, поэтому решение заключалось в том, чтобы попробовать обе записи (при этом не стараясь случайно запустить какие-либо реальные операции восстановления Windows). Я пишу это как ответ, чтобы его можно было принять, но я также рекомендовал бы опубликовать отчет об ошибке с помеченной записью Windows, запустив ubuntu-bug os-prober.