Файлы pkgconfig всегда (или большую часть времени) находятся в /usr/lib/pkgconfig/, что имеет место для библиотек разработки проектов PJ:
/usr/lib/pkgconfig/libpjproject.pc
Помните, что только файлы -dev включают файлы .pc. Итак, если у вас нет libpjproject-dev, вы никогда не найдете файлы .pc.