Сначала включите перезапись с помощью этой команды:
sudo a2enmod rewrite
Затем перезапустите apache2:
sudo service apache2 restart
Затем перейдите в папку sites-available:
/etc/apache2/sites-available
Отредактируйте файл с именем default и смените AllowOverride none на AllowOverride All. Есть две строки, где это изменение должно быть сделано.
Это заставит .htaccess работать на вашем сервере VPS.
Это работало на Ubuntu 12.04.5 VPS. 5]