Спасибо за подсказки.
Исследуя скрипты, возвращающие ошибку с разрешением, я обнаружил, что у всех из них есть bash shebang.
И воела: по какой-то нечетной причине /bin/bash не было установленных разрешений на выполнение. После sudo chmod 755 /bin/bash все скрипты были выполнены, и все снова работало.