Из manpage apt-get.
clean очищает локальный репозиторий файлов файлов. Он удаляет все, кроме файла блокировки, из /var/cache/apt/archives/ and /var/cache/apt/archives/partial/. Когда APT используется как метод dselect(1), очистка выполняется автоматически. Те, кто не использует dselect, скорее всего, захотят запустить apt-get clean время от времени, чтобы освободить место на диске.Обратите внимание на выделенную строку. Вы должны время от времени запускать apt-get clean.
Ответ отрицательный, он не вредит, нисколько.