Я бегу 12.10 и в 12.04 я смог переместить элементы (в другие категории, чем те, в которых они находятся в настоящее время) в меню приложений посредством перемещения их в приложении, , главное меню .
--- эта проблема была решена в чате ---
Проблема заключалась в том, что файл /home/brentonhorne/.config/menus/applications.menu не был Доступно для записи обычному пользователю. Brentonhorne является стандартным пользователем в этой системе, и каждый, кто его читает, должен будет поменять это имя.
Проблема была решена путем установки разрешений для папки .config и всех ее подпапок в том виде, в каком они должны быть (принадлежат пользователю, читаемы и доступны для записи владельцу) - снова для всех остальных вам придется вставить ваше собственное имя пользователя для brentonhorne.
sudo chown -R brentonhorne:brentonhorne /home/brentonhorne/.config && sudo chmod u+rw /home/brentonhorne/.config