Мой флеш-накопитель 8Gb стал 2,3 Мб

Вы смотрите на перенаправление вывода (Bash). Перенаправив регулярный вывод 'stdout' на filename, вы перезаписываете его. Ошибка вывода, 'stderr' все еще отображается (в вашем терминале по умолчанию). Это был текст справки, который вы видели.

Чтобы использовать символ > в grep как символ, который должен совпадать, выведите его в свою оболочку (Bash), например

grep -c \> myfile

Помещая это между кавычками, '>' также будет работать.

Фрагмент из приведенной выше ссылки объясняет перенаправление более широко:

COMMAND_OUTPUT >
  # Redirect stdout to a file.
  # Creates the file if not present, otherwise overwrites it.

  ls -lR > dir-tree.list
  # Creates a file containing a listing of the directory tree.
[..]
1>filename
  # Redirect stdout to file "filename."
1>>filename
  # Redirect and append stdout to file "filename."
2>filename
  # Redirect stderr to file "filename."
2>>filename
  # Redirect and append stderr to file "filename."
&>filename
  # Redirect both stdout and stderr to file "filename."